更新するとテンプレート全体が書き換えられます

例えば個々のphp（index.php・single.phpなど）のカスタマイズをしているものも書き換えられますので注意してください。カスタマイズは書き換えられないでそのまま残る「子テーマ」か外観＞カスタマイズ＞追加CSSに記述することをおススメします。
参考：子テーマを使ってカスタマイズする
参考：個々のphpをカスタマイズする方法（上級編）