更新するとテンプレート全体が書き換えられます。例えば個々のphp（index.php・single.phpなど）のカスタマイズをしているものも書き換えられますので注意してください。カスタマイズは書き換えられないでそのまま残る「子テーマ」を使うようにしてください。
参考：子テーマを使ってカスタマイズする
参考：個々のphpをカスタマイズする方法（上級編）